Некоторые недостатки теории Бора, которые привели к необходимости создания более сложных теорий строения атома:

• Непоследовательность. 1 С одной стороны, теория отвергает описание атома на основе классической физики, так как постулирует наличие стационарных состояний и правила квантования, непонятных с точки зрения механики и электродинамики. 1 С другой стороны, классические законы — второй закон Ньютона и закон Кулона — используются для записи уравнения движения электрона по круговой орбите. 1
• Невозможность описать более сложные атомы. 2 Теория Бора не смогла дать адекватное описание даже самого простого после водорода атома гелия, что говорило о необходимости распространения теории на более сложные атомы. 1
• Невозможность объяснить некоторые явления в атоме водорода. 1 Например, дав выражения для частот спектральных линий, модель Бора не объясняла различие в их интенсивностях. 1 Кроме того, неясен оставался механизм образования молекулы водорода из двух атомов. 1

В дальнейшем теория Бора была заменена современной квантовой механикой, основанной на более общих и непротиворечивых исходных положениях. 7