Некоторые недостатки метода сцинтилляций, которые ограничивают его применение в современной ядерной физике:

• Малая чувствительность к частицам с малой энергией. 3 Отдельные быстрые электроны вызывают очень слабые сцинтилляции, которые невозможно зафиксировать. 35
• Невысокая разрешающая способность по энергии. 13 Например, при энергии γ-квантов 660 кэВ разрешающая способность составляет 8–10%. 1
• Сложность обработки спектров, полученных на сцинтилционном спектрометре. 1 Даже в простейшем случае, когда нуклид излучает γ-кванты одной энергии, спектр имеет довольно сложный вид. 1
• Субъективность метода. 45 Результаты в той или иной мере зависят от индивидуальных качеств экспериментатора. 5
• Повышенная хрупкость сцинтилляционных кристаллов. 2 Их нельзя ударять или ронять. 2