Некоторые недостатки индекса Хирша как инструмента оценки научной деятельности:

• Учёт цитирований не всех статей. 1 Это может быть критичным для учёных с большим количеством публикаций в не самой востребованной области. 1
• Отсутствие учёта количества авторов. 1 Вклад разный, если исследователь работает один или с небольшой командой, или принял участие в большом международном исследовании с 50 соавторами. 1
• Невозможность сравнить результативность работы учёных из разных областей науки. 1 Например, в университетах, где научные сотрудники работают в разных областях знаний или в междисциплинарных научных сообществах. 1
• Искусственное завышение показателя. 1 Например, исследователи стремятся публиковать статьи в наиболее читаемых журналах с более высоким индексом цитирования, чтобы увеличить число цитирований. 1
• Неучёт ссылок на главы книг и материалы конференции. 2 Это ведёт к искажению значения вклада учёного. 2
• Неравномерность распределения по разным сферам науки. 5 Например, в сфере клинической медицины индекс Хирша в два раза превышает соответствующий показатель в исследованиях по информационным технологиям. 5