Среди учёных нет единого мнения о происхождении озера Каракуль. 3

Одна из версий гласит, что котловина озера возникла вследствие тектонических изменений. 14

Другая версия, основанная на геологических исследованиях и космических снимках, предполагает, что Каракуль образовался в результате падения метеорита приблизительно 25 миллионов лет назад. 14

Также учёные спорят о происхождении льда, который покрывает берега и дно озера. 34 Некоторые считают, что это остатки древнего ледяного щита, который заполнял котловину в горах во время ледникового периода. 34 Другие исследователи отстаивают версию о современном образовании льда, о чём свидетельствуют взятые пробы. 1

Таким образом, единого мнения о происхождении озера Каракуль и его особенностей у учёных пока нет. 4