Некоторые научные споры вокруг классификации археоптерикса:

• Вопрос о том, следует ли считать археоптерикса прямым предком птиц или формой, которая вела в эволюционный тупик. 1 Характерным признаком птиц являются перья, но у археоптерикса нет «праперьев» — образований, которые могли бы служить перемычкой в процессе развития перьев из чешуи рептилий. 1
• Способность археоптерикса к полёту. 5 По мнению некоторых исследователей, он был способен только к планирующему полёту. 2 Другие отмечают, что археоптерикс отличается от типичных преимущественно планирующих птиц в форме тела и размере крыльев. 2
• Единая таксономия археоптериксов. 2 Вопрос о том, к скольким видам и родам принадлежат известные экземпляры, остаётся открытым. 2
• Подделка отпечатков перьев на экземпляре, хранящемся в Лондоне. 3 В середине 1980-х годов крупный британский астрофизик и писатель Фред Хойл с несколькими коллегами утверждал, что отпечаток перьев на экземпляре был подделан в XIX веке. 3