Одно из научных объяснений появления рудиментарных органов в ходе эволюции заключается в том, что подгруппа, обладающая таким органом, перешла в новое местообитание или к новому образу жизни. 1 В условиях этих изменений прежде функционировавший орган оказался бесполезным и под действием отбора сильно редуцировался, но зачатки его сохранились в качестве филогенетических остатков. 1

Также существует теория, что рудиментарные органы в результате каких-либо изменений в окружающей среде, в образе жизни определённого вида утрачивали своё значение для выживания и постепенно переставали функционировать. 2

Ещё одно объяснение заключается в том, что органы, ставшие бесполезными для организма, не утрачиваются в одночасье, а могут сохраняться в течение миллионов лет, постепенно редуцируясь и разрушаясь под грузом мутаций. 4 При этом редуцирующийся орган может приобрести новые функции. 4