В антропологической одонтологии используются следующие научные методы:

• Одонтометрия. 15 Измерение размеров зубов с использованием стандартных параметров (длина, высота и прочее). 1
• Одонтоскопия. 1 Описание различных вариаций и аномалий строения и рельефа зубов и их компонентов. 1
• Одонтоглифика. 12 Раздел, изучающий вариации узоров жевательной поверхности зубов, определяющий расположение зубов, порядок их прорезывания и степень искривления зубных коронок. 2

Также в антропологической одонтологии применяется общеморфологическое направление, которое является базой для всех других исследований и помогает выявить общие закономерности строения и развития зубной системы. 4