В заповедниках проводятся как фундаментальные, так и прикладные научные исследования. 14

Некоторые направления фундаментальных исследований:

• изучение закономерностей динамики природных и антропогенных процессов; 15
• оценка и прогноз экологической обстановки; 14
• разработка научных основ охраны природы, сохранения ландшафтного и биологического разнообразия; 15
• воспроизводство и рациональное использование природных ресурсов; 15
• предотвращение ущерба природным комплексам и объектам. 15

Некоторые направления прикладных исследований:

• изучение экологии и оценка состояния популяций редких видов растений и животных; 14
• выявление неблагоприятных тенденций в динамике природных комплексов, определение их причин и прогноз их последствий; 15
• разработка и апробация мер по сохранению и восстановлению природных и историко-культурных комплексов и объектов; 15
• научное обеспечение организации экологического просвещения, экологического туризма и рекреационного обслуживания посетителей. 15

Некоторые примеры научных исследований, которые проводятся в заповедниках:

• Инвентаризация флоры и фауны. 2 Выясняется, какие виды и формы живых существ обитают в заповеднике и на сопредельной территории. 2
• Влияние многолетних климатических изменений на экосистемы заповедника и экологического региона. 2
• Изучение сезонных миграций животных, прежде всего, птиц и дзерена. 2
• Изучение естественной динамики лесных экосистем, как коренных, так и производных. 3
• Изучение трансформации растительных сообществ под влиянием негативных факторов как природного, так и антропогенного происхождения. 3