На острове Кокос проводятся следующие научные исследования: изучение гнездования птиц, насекомых и растений. 1 Также ведутся климатологические и океанографические исследования. 1

Например, в 2022 году учёные из австралийского Государственного объединения научных и прикладных исследований CSIRO обнаружили кладбище акул на морском дне у Кокосовых островов. 23 На глубине 5,4 тыс. м было найдено более 750 окаменелых зубов акул, принадлежавших хищникам сразу нескольких видов. 2 Среди них были обнаружены и зубы древней акулы-мегалодона. 2

Кроме того, в том же 2022 году австралийские специалисты из объединения CSIRO создали полноценную карту морского дна в районе Кокосовых островов. 4 В результате подводной съёмки с научного судна Investigator учёные смогли запечатлеть уникальные морские экосистемы, включающие доселе неизвестные научному сообществу виды рыб и разного рода организмы. 4