Некоторые научные гипотезы о происхождении Бездонного озера в Подмосковье:

• Карстово-провальная. 14 Согласно этой версии, озеро было сформировано в результате провала горных пород, которые залегали над пустотой. 4 Однако многие учёные опровергают эту теорию, считая, что карстовая полость Бездонного озера слишком огромная и под воздействием горного давления быстро бы наполнилась горными массами. 4
• Ледниковая. 14 Эта гипотеза не подтверждается, так как Бездонное озеро лежит в речной долине, сформированной рекой, а не ледником. 1
• Термокарстовая. 14 Термокарстовые озёра, как правило, неправильной формы и мелкие, но ни форма, ни глубина Бездонного не совпадают с этой картиной. 1
• Метеоритная. 14 По форме Бездонное озеро похоже на кратер, но около любой метеоритной воронки должен образовываться бруствер, которого в данном случае нет. 1
• Газово-плюмовая. 24 Эта версия предполагает, что причиной образования озера стали взрывы газа, всплывающего огромными пузырями (плюмами) из верхней части земной коры. 2 Однако этой гипотезе противоречит отсутствие вокруг озера «бруствера» из выброшенной породы. 2

Ни одна из научных версий на 100% не подтверждается. 4