Некоторые научные гипотезы о происхождении образа горгон в мифологии:

• Гипотеза о духах бури и холодной зимы. 12 Согласно ей, Медуза и её сёстры-горгоны (Сфено и Эвриала) — это духи, которые периодически посещали север Древней Греции (Борей). 12 На запредельную, подземную, иномирную природу горгон указывает то, что их породили Форкис (олицетворение бурного моря у древних людей) и Кето, праматерь морских чудовищ. 12
• Гипотеза о доолимпийском происхождении. 14 По этой версии, горгоны и другие чудовища греческих мифов — это остатки доолимпийского пантеона, которые под воздействием «олимпийцев» в сознании древних греков постепенно превратились в чудовищ. 12
• Гипотеза о восточном происхождении. 3 Отдельные мотивы мифа о Персее и Горгоне могут иметь восточные корни. 3 При этом тезис об исключительно греческих корнях образа Горгоны не считается полностью доказанным. 3
• Гипотеза о связи с осьминогом. 4 Ф. Т. Элворти ошибочно возводил образ Горгоны к осьминогу, объясняя тем самым странные пропорции черт лица архаических горгонейонов и ассоциируя «превращающий в камень» взгляд Медузы с «остолбенением» человека, на которого смотрит осьминог. 4
• Гипотеза о возможных прообразах горгонейона. 4 Д. Огден предположил, что таковым мог послужить вид отрубленной головы на определённых стадиях разложения: лицо опухает, губы вваливаются, обнажая зубы, глаза вылезают из орбит, а волосы выпадают прядями, которые скручиваются в змееподобные завитки. 4