Некоторые научные центры и лаборатории НИУ ВШЭ:

• Научно-учебная лаборатория сетевых форм организации (ул. Шаболовка, 28/11с9). 1
• Международная лаборатория теории представлений и математической физики ВШЭ — Сколтех (ул. Усачёва, 6). 1
• Проектно-учебная лаборатория муниципального управления (Мясницкая ул., 20). 1
• Научно-учебная лаборатория мониторинга рисков социально-политической дестабилизации (Кривоколенный пер., 3). 1
• Лаборатория исследования отраслевых рынков (Мясницкая ул., 20). 1
• Международная проектно-учебная лаборатория экспериментального проектирования городов (Мясницкая ул., 13, стр. 4). 1
• Мандельштамовский центр (Старая Басманная ул., 21/4с1). 1
• Научно-учебная лаборатория когнитивной психологии пользователя цифровых интерфейсов (Кривоколенный пер., 3). 1
• Международная лаборатория логики, лингвистики и формальной философии (Старая Басманная ул., 21/4с1). 1
• Научно-учебная лаборатория социально-демографической политики (Большой Трёхсвятительский пер., 3). 1
• Международная лаборатория цифровой трансформации в государственном управлении (Милютинский пер., 2/9). 1
• Научно-учебная лаборатория по формальным моделям в лингвистике (Старая Басманная ул., 21/4с1). 1

Также в НИУ ВШЭ есть Центр фундаментальных исследований, который координирует научные исследования вуза. 25