На дне водоёмов и в иле обитают различные микроорганизмы, среди них:

• Бактерии. 12 В большинстве своём это мелкие одноклеточные организмы в виде палочек. 1 Некоторые из них сохраняют примитивные черты своих древних предков и обитают в бескислородных илах. 1 В иле много серо- и железобактерий, которые окисляют сероводород до серной кислоты и тем самым предотвращают замор рыбы. 4
• Водные грибы. 1 В активном иле встречаются плесени, которые относятся к гетеротрофным организмам. 1 Некоторые виды приспособились использовать для своего питания углеводы, спирты и органические кислоты. 1
• Простейшие. 1 В активном иле можно найти представителей следующих классов простейших: саркодовых, жгутиковых, ресничных инфузорий. 1
• Метанообразующие бактерии. 2 Обитают в воде и илистых отложениях морей, болот, горячих источников. 2 В процессе жизнедеятельности используют водород и углекислоту. 2