Так как тематические слои в ГИС являются динамическими и не хранятся в виде файлов, для сохранения тематической карты используется сохранение рабочего набора. 4 В нём записывается источник тематической карты и правило создания и оформления тематического слоя. 4

Кроме того, для представления пространственных данных в ГИС применяют векторные и растровые структуры данных: 3

• Векторная структура — представление объектов в виде набора координатных пар (векторов), описывающих геометрию объектов. 3
• Растровая структура — представление данных в виде двухмерной сетки, каждая ячейка которой содержит только одно значение, характеризующее объект, соответствующий ячейке растра на местности или на изображении. 3

Во многих ГИС поддерживаются основные форматы хранения растровых данных (TIFF, JPEG, GIF, BMP, WMF, PCX), а также GeoSpot, GeoTIFF, позволяющие передавать информацию о привязке растрового изображения к реальным географическим координатам, и MrSID — для сжатия информации. 3