Для раскрытия причинных связей в научном объяснении применяют методы исследования причинных связей, которые были разработаны Ф. Бэконом и доработаны Дж. Миллем. 12

Некоторые из этих методов:

• Метод сходства. 15 Если два или более случаев исследуемого явления имеют общим лишь одно обстоятельство, то оно и есть причина (или следствие) данного явления. 15
• Метод различия. 15 Если случай, в котором исследуемое явление наступает, и случай, в котором оно не наступает, сходны во всех обстоятельствах, кроме одного, встречающегося лишь в первом случае, то это обстоятельство и есть причина или следствие явления. 15
• Соединённый метод сходства и различия. 13 Если в двух или большем числе ситуаций, когда наступает рассматриваемое явление, совпадает только одно условие, и в то же время в двух или более ситуациях, когда явление отсутствует, отличаются от первой группы ситуаций только отсутствием условия, то можно предположить, что оно и есть причина явления. 3
• Метод сопутствующих изменений. 13 Если при изменении фактора в той же степени меняется явление (при неизменных других факторах), вероятно, причиной явления является изменённый фактор. 3
• Метод остатков. 13 Если из ситуации вычесть ту часть, которая, как было установлено в предшествующих индукциях, является следствием установленных предыдущих факторов, то остаток этой ситуации должен быть следствием остальных факторов. 3

Кроме того, для выявления причинно-следственных связей используют рандомизированные контролируемые исследования, естественные эксперименты, обсервационные исследования, инструментальные переменные, моделирование структурными уравнениями и различные статистические методы. 4