Для селекции урожайных сортов яблонь применяют различные методы, иногда используют несколько из них. 1 Некоторые из них:

• Гибридизация. 1 Основной путь получения генетического разнообразия. 1 Используют как простые (парные), так и сложные скрещивания. 1
• Индуцированный мутагенез. 1 Один из действенных методов селекции. 1 Позволяет получать формы яблони, устойчивые к болезням и вредителям, с повышенным содержанием в плодах биологически активных веществ и сахаров. 1
• Полиплоидия. 1 Метод ещё не получил широкого распространения в селекции яблони. 1 Однако уже выделены формы растений, которые могут быть отнесены к геномным мутациям. 1 Например, триплоидные формы яблони обладают более крупными плодами, регулярным плодоношением, лучшей лёжкостью плодов, большей устойчивостью к болезням, транспортабельностью, повышенным содержанием витаминов в плодах. 1
• Отдалённая гибридизация. 1 Метод используют многие селекционеры-плодоводы. 1 Например, при создании большинства новых сортов яблони в Сибири и на Урале применена отдалённая гибридизация морозостойкой сибирской ягодной яблони и её производных с культурной домашней яблоней. 1
• Метод выведения новых сортов на основе отбора лучших плодов. 4 Он применим как при свободном опылении, так и при искусственных скрещиваниях. 4

Также для селекции яблони используют полевые и лабораторные методы, в том числе фенологические, морфологические, цитологические, биохимические, гибридологический анализ и сравнение полученных данных с применением генетико-статистических методов. 2