Некоторые методы исследования, которые применяются в микологии для изучения грибов:

• Прямое микроскопирование. 1 Световая микроскопия, прямой подсчёт в камере Горяева, прямая микроскопия на стёклах по Виноградскому, метод агаровых плёнок, микроскопирование на мембранных фильтрах, окрашивание люминесцентными красителями, сканирующая электронная микроскопия. 1
• Изучение микробных ассоциаций непосредственно в почве. 1 Для этого используют стёкла обрастания по Н. Г. Холодному, «Микробный пейзаж», капилляры Перфильева (педоскопы). 1
• Биохимические и молекулярно-биологические методы. 1 Определение почвенного дыхания, ферментов, хитина, эргостерина, методы анализа ДНК в почве, иммунологический анализ. 1
• Метод чистых культур. 2 Грибы выделяют в чистую культуру и наблюдают за ними in vitro. 2 Это позволяет определить характер роста и спорообразования у грибов, особенности морфогенеза, выявить плодовые тела и виды спороношения. 2
• Молекулярная систематика (геносистематика). 4 В её основе лежит сравнение ДНК исследуемых организмов, что позволяет сопоставлять генотипы, а не фенотипы. 4