Некоторые методы исследования, которые применяются в лимнологии:

• Стационарные исследования озёр, которые ведутся на озёрных станциях и гидрологических постах. 12
• Полустационарные исследования. 1 Как правило, сопровождают стационарные исследования, проводятся сезонно по специальной программе в соответствии с поставленными практическими и научными задачами. 1
• Экспедиционные исследования. 12 Проводятся в связи с научными задачами ряда научных и проектных учреждений. 1
• Комплексный лимологический метод изучения озёр. 12 Включает приёмы картирования озёр, донных отложений и водной растительности, методики химического анализа донных отложений и озёрных вод и другие современные методики. 12
• Лабораторные исследования. 12 В лабораторных условиях изучаются физические и химические свойства грунтов и воды, водной растительности. 12
• Палинологические методы. 12 Для изучения физико-географических условий водосборов озёр в голоцене используются споровопыльцевой, диатомовый, остракодовый, палеокарпологический и другие методы. 12 Для определения абсолютного возраста отложений применяется радиоуглеродный метод. 12
• Математическое моделирование. 12 При изучении отдельных процессов широко используется математическое моделирование, в меньшей степени — натурное или физическое моделирование. 12 При натурном моделировании проводятся эксперименты, максимально приближенные к естественным условиям водоёма. 12

Также в лимнологии применяются дистанционные методы и работа с электронными базами данных сети Интернет. 4 Например, с помощью программы Google-Earth можно рассчитать значимые морфометрические показатели озера: длину береговой линии, протяжённость водоёма, площадь озёрного зеркала, отметку уровня воды. 4