Для изучения процесса рекомбинации ДНК у бактерий применяются следующие методы:

• Рестрикционное картирование. 3 Чистая геномная (хромосомная) ДНК бактерии обрабатывается эндонуклеазами рестрикции, а длины полученных рестриктных фрагментов анализируются с помощью гель-электрофореза. 3
• Блоттинг по Саузерну. 5 Метод позволяет качественно и количественно оценить присутствие индивидуальных генов в тотальной ДНК или РНК клетки без процедуры клонирования. 5 Для этого нуклеиновые кислоты переносят из агарозных гелей на нитроцеллюлозную бумагу. 5
• Идентификация клона. 5 Процедура направлена на поиск необходимого клона в смеси, иногда из тысяч клонированных фрагментов. 5 Для этого используют иммунологический скрининг, пульс-электрофорез, ДНК-гибридизацию, ДНК-микрочипы, скрининг по активности белка. 5
• Секвенирование ДНК. 12 Метод позволяет определить нуклеотидную последовательность ДНК. 2