Некоторые методы исследования хроматина, которые используются в современной биологии:

• Методы исследования открытых областей генома (DNase-seq, MNase-seq, FAIRE-seq). 1 Позволяют отличить открытые регуляторные области хроматина от тех, которые защищены нуклеосомами. 1
• Иммунопреципитация хроматина (ChIP). 1 Помогает определить общегеномные профили связывания факторов транскрипции, вариантов гистонов и других факторов, связанных с хроматином. 1
• Метод расщепления под действием мишеней и высвобождения с использованием нуклеазы (CUT & RUN). 1 Позволяет высвобождать ДНК-белковые комплексы непосредственно в супернатант без необходимости фрагментации и солюбилизации общего хроматина. 1
• Анализ волокон ДНК, растянутых путём распространения ДНК или молекулярного расчёсывания. 1 Помогает изучить динамику репликации ДНК и хроматина. 1
• Hi-C. 2 Один из самых популярных методов для изучения пространственной организации хроматина. 2 Позволяет изучать на полногеномном уровне взаимодействия различных участков генома. 2
• Методы захвата конформации хромосом (3С, 4С, 5С, НьС). 3 Измеряют вероятность взаимодействия двух областей генома в большой популяции клеток. 3 Позволяют изучить взаимодействие удалённых друг от друга участков ДНК в трёхмерном пространстве. 3