Некоторые методы, которые используются в палеозоологии для изучения древних экосистем:

• Актуализм. 45 Методический подход, основанный на предположении, что в разные периоды на Земле действовали одни и те же экологические законы. 45 Экологию ископаемых организмов изучают на основе накопленных данных о родственных или подобных современных видах. 5
• Морфо-функциональный анализ. 15 Изучение строения скелетных остатков древних организмов. 5 Позволяет частично восстановить их образ жизни и условия обитания. 5
• Метод руководящих ископаемых. 3 Для определения возраста отложений используют не все организмы, а лишь руководящие. 3
• Статистические палеонтологические методы. 3 Возраст отложений определяют при помощи расчёта процентного содержания общих видов ископаемых и сравнения с данными, принятыми в качестве эталонного. 3
• Палеоихнология. 3 Направление палеозоологии, которое занимается исследованием следов передвижения, представленных ихнофоссилиями и биоглифами. 3
• Тафономия. 13 Выяснение закономерностей процессов захоронения останков древних организмов. 3
• Биостратономия. 3 Исследование процессов, которые происходят с останками с момента формирования до момента внедрения их в осадочные пласты. 3 Также изучает пространственное расположение остатков и процессы накопления захоронения. 3