Некоторые методы, которые используются в палеогенетике для изучения эволюции человека:

• Филогенетический анализ. 1 Позволяет установить родственные и эволюционные связи между организмами. 1
• Филогеографический анализ. 1 Помогает определить пути географического распространения популяций. 1
• Анализ маркеров половой принадлежности. 1 Даёт возможность реконструировать половую, семейную и социальную структуру древних сообществ человека. 1
• Поиск маркеров генетической предрасположенности к заболеваниям. 1 Позволяет выяснить, когда определённые болезни впервые появились и начали поражать людей. 2
• Анализ полиморфизма локусов. 3 Даёт возможность реконструировать молекулярные механизмы адаптации человека к условиям среды, историю появления и распространения различных заболеваний. 3

Также в палеогенетике используются методы высокопроизводительного секвенирования ДНК. 5 Они позволяют анализировать протяжённые участки геномов, вплоть до полногеномного исследования отдельных образцов. 5