Основные методы, которые используются в анатомии растений для изучения их внутреннего строения:

1. Микроскопический. 25 Различные органы растений рассекают на тонкие слои и изучают их с помощью световых и электронных микроскопов. 1
2. Химические, биохимические и физические методы. 15 Методы химии и биохимии позволяют изучать химический состав и функции внутренних структур растений, устанавливать местонахождение конкретных веществ в клетке. 1 Физические методы помогают выделять клеточные компоненты (органеллы, мембраны, клеточную оболочку и др.) и выявлять их тончайшее строение (крахмальные зёрна, микрофибриллы целлюлозы и др.). 1

Также в анатомии растений используются анатомические исследования ископаемых растений (палеоботаника), которые дают представления о внутреннем строении растений прошлых геологических периодов. 2