Некоторые методы, которые используются для реконструкции филогении прокариотических организмов:

• Числовая таксономия. 23 Основана на сравнении ряда характеристик, таких как присутствие или отсутствие капсульного слоя, дифференциальное окрашивание по Граму, требования к кислороду, сходство нуклеиновых кислот и белков, способность к спорообразованию, подвижность и наличие или отсутствие некоторых ферментов. 2 Исследование этих показателей позволяет оценить степень сходства или различия между микробами. 2
• Молекулярная филогения. 23 Предполагает, что эволюционные различия между организмами проявляются в вариациях их наследственного материала. 2 Для анализа используют, например, степень сходства последовательностей РНК малых субъединиц рибосом (SSU rRNA), которая указывает на их эволюционную близость. 23
• Метод максимальных общих интервалов (MCI). 4 Позволяет определить расстояние между геномами и реконструировать их эволюционную взаимосвязь. 4 Также для этого используют меры, основанные на необычных сегментах (UC) — геномных сегментах, которые не обнаружены ни в одном из MCI. 4