Для получения протопластов в лабораторных условиях используются следующие методы:

1. Подавление синтеза клеточной стенки. 1 Для этого применяют антибиотики (пенициллин, циклосерин или фосфомицин) и некоторые аминокислоты (глицин, D-треонин, метионин). 1 У дрожжей для получения протопластов используют 2-дезоксиглюкозу — аналог глюкозы, препятствующий образованию у них клеточной стенки. 1
2. Лизис уже синтезированной клеточной стенки. 1 Для этого применяют литические ферменты из актиномицетов или грибов базидиомицетов. 1 Клеточную стенку дрожжей также разрушают пищеварительным соком виноградной улитки Helix pomatia («геликаза»), который содержит несколько десятков различных ферментов. 1
3. Ферментативный способ. 3 Для удаления клеточной стенки используют ферментные препараты трёх типов — целлюлазы, гемицеллюлазы и пектиназы. 3 Комбинации ферментных препаратов и их количественные соотношения подбирают для каждого конкретного случая в зависимости от вида растения, его возраста и органа, из которого берётся материал для получения протопластов. 3