Какие методы используются для оптимизации реакций с рестрикционными эндонуклеазами?

Некоторые методы, которые используются для оптимизации реакций с рестрикционными эндонуклеазами:

• Добавление нуклеотидов на 5’-конец праймера за сайтом рестрикционной эндонуклеазы. biomicsj.ru Разные ферменты требуют разного количества таких «экстра»-нуклеотидов. biomicsj.ru
• Выявление криптических сайтов узнавания подходящих рестрикционных эндонуклеаз в амплифицируемых участках. biomicsj.ru Это позволяет без удлинения праймера получать возможность расщеплять итоговый ампликон нужной рестриктазой. biomicsj.ru
• Использование амплификации в закрытых пробирках. www.frontiersin.org Такой подход устраняет ложноположительные результаты из-за загрязняющих веществ. www.frontiersin.org
• Определение оптимальных условий амплификации. www.frontiersin.org Например, в одном из исследований тестировали восемь температур реакции (60–67 °C с интервалом в 1 °C) для определения оптимальных условий амплификации. www.frontiersin.org
• Использование колориметрических индикаторов. www.frontiersin.org К ним относятся, например, чувствительные к рН красители (нейтральный красный), малахитово-зелёный (MG) и гидроксинафтол-синий (HNB). www.frontiersin.org