Для определения видового состава грибов в естественной среде обитания используются следующие методы:

1. Изучение литературных и информационных источников. 1 Для этого применяют определители, атласы, фотографии и другую литературу. 25
2. Маршрутный учёт. 24 Группа исследователей двигается «цепью» по определённому маршруту, собирая все встречающиеся на пути плодовые тела грибов. 2 Минимальное учётное расстояние определяется в зависимости от численности грибов и размеров биотопа. 2 Обычно это дистанция в пределах от 500 м до 2 км. 2
3. Лабораторная обработка материала. 2 Она включает определение принесённых образцов грибов, расчёт их численности (плотности на единицу площади), анализ экологической приуроченности видов и сравнение видового состава и численности грибов в разных биотопах. 2