Какие методы используются для обнаружения повторяющихся последовательностей в геноме?

Некоторые методы, которые используются для обнаружения повторяющихся последовательностей в геноме:

• Оптическое картирование. yandex.ru В этой методике флуоресцентные нуклеотиды вставляют в определённые сайты никирования эндонуклеаз. yandex.ru Полученные молекулы ДНК разделяют на единичные продольно вытянутые молекулы в специализированных микрочипах. yandex.ru Затем флуоресцентный сигнал считывают специализированным аппаратно-программным комплексом с каждой молекулы ДНК и делают вывод о количестве макросателлитных последовательностей. yandex.ru
• Нанопоровое секвенирование. yandex.ru При этом способе секвенирования ДНК протягивают через нанопоры, и каждый проходящий нуклеотид вызывает определённое изменение силы тока. yandex.ru По этим изменениям делают вывод о нуклеотидном составе и длине молекулы ДНК. yandex.ru
• Гибридизация по Саузерну. yandex.ru Массивы тандемно расположенных макросателлитных повторов вырезают из хромосомы эндонуклеазами рестрикции по фланкирующим сайтам. yandex.ru Полученные образцы разделяют в агарозном геле методом пульс-электрофореза, после чего ДНК-фрагменты переносят из агарозного геля на нейлоновую мембрану и гибридизуют со специфичными ДНК-зондами к исследуемым последовательностям и ДНК-зондом к маркеру молекулярного веса. yandex.ru
• Спектрально-аналитический метод. www.matbio.org Он основан на разномасштабном интегральном оценивании сходства нуклеотидных последовательностей. www.matbio.org Метод позволяет выявлять следы сегментных дупликаций и мегасателлитные участки в геноме, районы синтении при сравнении пары геномов. www.matbio.org