Некоторые методы, которые используются для классификации микроорганизмов в современной науке:

• Нумерическая (численная) таксономия. 13 Основана на сопоставлении организмов по возможно большему количеству учитываемых признаков при допущении, что все они для систематики равноценны. 3 Для количественной оценки степени сходства и различия объектов используются специальные компьютерные программы. 2
• Морфофизиологическая классификация. 2 Изучается совокупность морфологических признаков и особенностей метаболизма организмов. 2 При этом учитывают разную значимость применяемых критериев: некоторые свойства считают обязательными, значимыми для объекта, а другие могут присутствовать в разной степени или совсем отсутствовать. 2
• Методы геносистематики. 13 В их основе лежит изучение нуклеотидного состава ДНК и наиболее важных характеристик генома, в частности его размера (величина, объём, молекулярная масса) и других параметров. 3 Для этого используются рестрикционный анализ, ДНК-ДНК гибридизация, ПЦР, сиквенс и другие методы. 1 В основе большинства из них лежит принцип определения степени гомологии генетического материала (ДНК, РНК). 1