Для изучения гаструляции у морских ежей и других организмов используют разные методы, среди них:

• Иммуногистохимическое окрашивание. 3 Позволяет определить присутствие и распределение различных белков в тканях эмбриона. 3 С помощью антител, специфичных к определённым белкам, можно выявить образующиеся герминативные листки и выяснить их взаимодействие с другими структурами. 3
• In situ гибридизация. 3 Помогает определить активность определённых генов в эмбрионах. 3 С помощью комплементарных ДНК или РНК проб, размеченных маркерами (обычно флюорохромами), можно выявить места экспрессии определённых генов, связанных с гаструляцией. 3
• Маркировка клеток. 3 Позволяет отслеживать перемещение и дифференциацию клеток во время гаструляции. 3 Клетки могут быть помечены веществами, такими как биотин или тетразолиевая соль, и затем отслеживаться с помощью микроскопии. 3
• Генетические маркеры. 3 Метод основан на использовании моделей с мутациями, которые влияют на гаструляцию. 3 Изучение этих мутаций позволяет определить ключевые гены и сигнальные пути, определяющие гаструляцию. 3
• Анатомическое наблюдение (световая микроскопия). 2 Развитие регистрируют на образцах, взятых живыми. 2 Эмбрионы, личинки и молодь визуализируют с помощью светового микроскопа. 2