Для изучения доядерных организмов в современной науке используются различные методы, например:

• Электронная микроскопия. 12 Позволяет изучать тонкое строение клеточных структур, которые не видны человеческому глазу. 1
• Цито- и гистохимические методы. 1 Основаны на выборочном воздействии реактивов и красителей для определённых химических веществ цитоплазмы. 1 Эти методы помогают детально изучить химический состав клетки, выяснить местонахождение отдельных химических веществ. 1
• Метод дифференциального или разделительного центрифугирования. 1 С его помощью клетку разделяют на отдельные и разные по массе и строению составные части, а потом детально изучают химический состав каждой части. 1
• Филогенетический анализ. 4 Учёные создают матрицу признаков, а потом проверяют, с каким из ранее описанных видов найдётся больше всего совпадений. 4 Если совпадение полное, значит, это один и тот же вид. 4 Если различия небольшие, то один и тот же род, и так далее. 4