Некоторые методы, которые используются для изучения обитателей почвы:

• Метод почвенных раскопок. 1 Пробную площадку выбирают в зависимости от степени увлажнённости почвы (обычно 0,25 м², в сухих районах до 1–2 м²). 1 Раскопки делают на глубину 30–50 см, в сухих местах на лёгких почвах — до 100 см и более. 1 Почву выбирают послойно и тщательно вручную перебирают, собирая животных отдельно из каждой пробы и слоя. 1
• Метод флотации. 2 Предназначен для сбора мелких почвенных беспозвоночных на разных, в основном неподвижных стадиях их развития: яиц, личинок, куколок, которые трудно заметить невооружённым взглядом при ручной разборке. 2
• Косвенные методы. 4 Например, учёт за плугом в отваливаемом слое и в борозде крупных заметных насекомых (проволочников и личинок хрущей) или дождевых червей. 4

Также для изучения почвенных микроорганизмов используется метод посева, который позволяет учитывать не только численность, но и таксономический состав комплекса почвенных микроорганизмов. 1