Для изучения древних бактерий в геологии используются, например, такие методы:

• Инфракрасная спектроскопия. 12 Помогает выявить присутствие микробных клеток в минералах и изучить белковый состав микробов и окружающей глины. 12
• Флуоресцентная и сканирующая электронная микроскопия. 1 Используются для анализа срезов, полученных из образцов горных пород. 1
• Метод электронного парамагнитного резонанса (ЭПР). 34 Применяется для изучения отложений разного возраста и позволяет выявить участие разных типов бактерий в формировании известняковых, доломитовых, сульфатных и кремневых образований, железомарганцевых конкреций и других. 34
• Анализ eDNA. 1 Позволяет исследовать генетический материал из продуктов жизнедеятельности, который сохраняется в осадочных породах. 1

Изучение ДНК и геномов древних микроорганизмов помогает понять, как развивалась жизнь на Земле в её ранние эпохи. 2