Для изучения почвенной микрофлоры используются различные методы, которые можно разделить на несколько групп: 2

1. Методы культивирования. 3 Позволяют выделить различные группы микроорганизмов на питательные среды, получить чистые культуры и изучить их морфологические и физиологические особенности. 3
2. Прямые микроскопические методы. 35 Дают представление о преобладающих в почве формах микроорганизмов, их численности, а также об особенностях развития в почвенной среде. 3 Для этого используют люминесцентные микроскопы и различные красители. 5
3. Косвенные методы. 3 Позволяют судить о деятельности микроорганизмов по накоплению в почве продуктов их жизнедеятельности или по изменениям, происходящим с внесёнными в неё веществами. 3 Например, быстрота разложения внесённой в почву целлюлозы или окисления внесённого аммония даёт представление об активности микроорганизмов, принимающих участие в соответствующих процессах. 3
4. Молекулярно-биологические методы. 2 Предполагают изучение разнообразия микробных геномов (метагеномика) или отдельных генов (таргетное секвенирование), исследование разнообразия РНК-транскриптов (метатранскриптомика). 2 Эти методы позволяют определить спектр синтезируемых микробным комплексом ферментов или группы работающих в данный момент генов и оперонов. 2