Некоторые методы, которые используются для изучения эпигенетических механизмов:

• Секвенирование полного генома клона, несущего изменённые, предположительно наследуемые характеристики. 1 Позволяет отсечь или подтвердить предположение о возможной мутации. 1
• Бисульфитное, нанопоровое, SMRT и другое секвенирование. 1 Даёт возможность создать полную карту метилома и сопоставить соответствие различий метилированных и деметилированных участков изменённым физиологическим характеристикам клона. 1
• Проточная цитометрия. 1 Позволяет точно посчитать в культуре количество клеток с изменёнными физиологическими характеристиками. 1
• Микрофлюидный анализ линии потомков индивидуальных клеток. 1 Помогает проследить кратковременные эпизоды неустойчивого наследования фенотипов и дать количественную характеристику частот переключений. 1
• Иммунопреципитация хроматина (ChIP). 3 С её помощью исследователи делают выводы о регуляции генов, механизмах транскрипции и структуре хроматина. 3
• Флуоресцентная гибридизация in situ (FISH). 4 Метод используют для выявления структуры хроматина и специфических мРНК в образце ткани. 4