Для анализа и определения генотипов гибридов используются следующие методы:

1. Гибридологический анализ. 13 Подразумевает скрещивание определённых организмов с последующим анализом их потомков. 2 На основании расщепления по фенотипу определяют соотношение типов гамет у гибридов первого поколения, а в дальнейшем — генотипы всех особей второго поколения. 1
2. Анализирующее скрещивание. 13 Предполагает скрещивание предполагаемого гибрида с рецессивной родительской формой. 3 По характеру расщепления можно проанализировать генотип гибрида, типы гамет, которые он образует, и их соотношение. 3
3. Геномный анализ. 1 По его результатам определяют количество разных геномов у гибридов и степень их гомологичности. 1 Метод основан на анализе кариотипа и особенностей конъюгации хромосом в мейозе у гибридов первого поколения, полученных от межвидовых скрещиваний. 1
4. Цитогенетический метод. 24 Предполагает исследование под микроскопом хромосомного набора путём его окрашивания — так выясняется количество хромосом и их структуры. 2 С его помощью можно выявить геномные (изменения числа хромосом) и хромосомные мутации. 2
5. Биохимический метод. 2 Даёт возможность обнаружить нарушения обмена веществ, сопровождающие определённые наследственные заболевания, например, сахарный диабет, фенилкетонурию. 2