Для секвенирования генома вируса SARS-CoV-2 использовались разные методы, которые относятся к разным поколениям: 1

• Первое поколение. 1 Секвенирование отдельных локусов гена, кодирующего S-белок, по методу Сенгера на автоматизированных секвенаторах. 1
• Второе поколение (высокопроизводительное секвенирование нового поколения, NGS). 1 Секвенирование на платформе Illumina и панелях компаний Ion AmpliSeq, Paragon Genomics. 1
• Третье поколение. 1 Секвенирование на платформе Oxford Nanopore. 1

Также для секвенирования генома SARS-CoV-2 применялся протокол ARTIC Network. 45

Кроме того, для работы с геномом вируса использовали тест-систему VariFind™ SARS-Cov-2 assay от компании Parseq Lab и адаптированное программное обеспечение VariFind™ Software. 4