Для современной классификации простейших используются следующие методы ДНК-анализа:

• Полимеразная цепная реакция (ПЦР). 13 Позволяет с высокой достоверностью определить видовую специфичность белковой молекулы. 1 Для каждого вида ДНК имеет уникальные «метки», которые и определяются с помощью ПЦР. 1
• Рестрикционный анализ. 2 Продукты расщепления ДНК анализируются с помощью гель-электрофореза в агарозном или акриламидном геле. 2 Полученная картина разделения фрагментов ДНК в виде определённого набора полос и является результатом рестрикционного анализа. 2
• Молекулярная гибридизация нуклеиновых кислот. 3 С помощью гибридизации плазмидных и хромосомных ДНК определяют присутствие уникальных последовательностей нуклеотидных оснований, характерных только для определённого вида или рода микроорганизмов. 3