В компактизации ДНК в нуклеоидах архей участвуют, например, следующие механизмы:

• Использование белков, гомологичных гистонам эукариот. 12 Гистоны архей по размеру уступают гистонам эукариот и имеют укороченный N-концевой участок, поэтому взаимодействуют с ДНК несколько иначе. 1
• Положительная сверхспирализация. 1 Этот механизм обеспечивает так называемая «обратная» гираза, он стабилизирует ДНК у экстремофильных видов архей. 1
• Использование негистоновых ДНК-связывающих белков. 1 Например, Sul7D, который взаимодействует с малой бороздкой ДНК и защищает её от тепловой денатурации. 1

У кренархеот, ведущих термофильный и гипертермофильный образ жизни, нет гистонов, но есть негистоновые ДНК-связывающие белки. 12