Для анализа сложных молекулярных систем используют различные математические методы, среди них:

• Квантово-химические методы. 1 Позволяют вычислять геометрию, силовые постоянные и электрооптические параметры сложных молекулярных систем. 1
• Методы математического моделирования. 2 Включают аналитические и имитационные методы. 2 Аналитические позволяют выделить общие закономерности функционирования системы, получить характеристики целых классов систем. 2 Имитационные методы разрабатывают алгоритм, который имитирует поведение системы с учётом внешних воздействий и взаимодействия отдельных элементов. 2
• Метод Монте-Карло. 35 Стохастический математический подход, который используют для компьютерного расчёта состояния идеализированной молекулярной системы. 3
• Молекулярное моделирование. 34 Набор вычислительных подходов, которые используют классическую механику, физическую химию и общие представления о химическом строении и физике белка для описания физических свойств атомарных моделей молекул. 3
• Методы минимизации энергии. 4 К ним относятся, например, методы симплексов и Ньютона. 4 Используются для минимизации энергии системы, что важно, так как это помогает избежать ошибок на начальной стадии работы алгоритмов моделирования. 4

Выбор конкретного метода зависит от требуемого результата и от способности метода дать надёжные результаты на текущем уровне его развития. 4