Некоторые критические замечания, которые высказывались в адрес теории глубинных структур:

• Игнорирование аспектов лексики и семантики. 1 Стандартная теория не давала представления о том, как взаимодействуют глубинные структуры с этими аспектами. 1
• Смешивание моделей языковой способности и речевых умений. 1 По мнению А. Леонтьева, в теории Н. Хомского модели, сделанные лингвистами, переносятся на психолингвистику. 1
• Игнорирование мотивации и «дограмматической» стадии речевого кодирования. 1 Это, по мнению А. Леонтьева, существенный недостаток модели Хомского-Миллера. 1
• Неприменимость к некоторым реальным языкам. 1 Теория может оказаться абсолютно не применимой к некоторым реальным языкам, например, если основная масса исследований относилась только к английскому языку. 1
• Сомнение в ценности понятия «глубинная структура». 23 Некоторые учёные, например В. М. Солнцев, выражали сомнение в его психологической реальности. 23
• Предложение понимать под глубинной структурой не абстрактные синтаксические построения, а реальные простейшие (ядерные) предложения. 12 Например, так предлагал поступать В. Г. Гак. 1
• Предложение обойтись при описании языка без понятия «глубинная структура». 23 Например, так считал Д. Н. Шмелев. 23