Некоторые ключевые маркеры времени, которые помогают понять использование Past Perfect Passive:

• by (к какому-то моменту); 24
• by that time (к определённому моменту в прошлом); 1
• by the time (к тому времени, когда); 2
• after (после); 23
• before (до); 23
• just (только что); 3
• already (уже); 3
• yet (уже, ещё не). 3

Например: The all of the day’s work had been finished work by 2 o’clock — Вся работа за день была закончена к двум часам. 2 The dog had been carried outside by the time she arrived — К тому времени, когда она пришла, собаку выгуляли на улице. 2