В природе существует только один стабильный изотоп фтора — 19F. 23

Кроме того, известны 17 радиоактивных изотопов фтора с массовыми числами от 14 до 31 и один ядерный изомер — 18mF: 27

• 17F (относительная масса — 17,0020952, период полураспада — 64,5 с, β+-распад в 17O); 2
• 18F (относительная масса — 18,000938, период полураспада — 1,83 часа, β+-распад в 18O); 2
• 20F (относительная масса — 19,9999813, период полураспада — 11 с, β−-распад в 20Ne); 2
• 21F (относительная масса — 20,999949, период полураспада — 4,2 с, β−-распад в 21Ne); 2
• 22F (относительная масса — 22,00300, период полураспада — 4,23 с, β−-распад в 22Ne); 2
• 23F (относительная масса — 23,00357, период полураспада — 2,2 с, β−-распад в 23Ne). 2

Изотоп 18F — важный источник позитронов, используется в позитрон-эмиссионной томографии. 2