Некоторые изменения, которые происходят на молекулярно-генетическом уровне при эволюции видов:

• Мутации. 23 Это постоянно действующий источник наследственной изменчивости. 2 В результате скрещивания мутантные гены различным образом комбинируются и взаимодействуют друг с другом в процессе развития организма, что ещё больше повышает генетическую изменчивость. 3
• Постепенное случайное замещение одних нейтральных аллелей другими нейтральными. 3 При этом функционально менее важные молекулы изменяются быстрее, чем функционально более важные. 3
• Изменения в генах, приводящие к замене аминокислот в полипептидной цепи. 1 Это позволяет идентифицировать гомологичные гены у различных организмов. 1
• Изменения в линейной структуре, количестве и пространственной организации хромосом. 1 Например, появление хромосомного аппарата у эукариот привело к появлению принципиально новых типов мутаций. 1

Также при эволюции видов могут происходить приобретение и утрата генов, изменение места и времени экспрессии и репрессии генов. 2