В глубоководных экосистемах хемотрофы используют энергию окисления неорганических веществ, поступающих из недр океана с магматическими извержениями. 4

Например, в экосистемах гидротермальных источников срединно-океанических хребтов источником энергии служат ювенильные воды, которые разогреты до высокой температуры и богаты разнообразными сложными неорганическими соединениями. 1 Эти вещества, прежде всего сульфиды, используются серобактериями в хемосинтезе. 4

Также в качестве источника энергии хемотрофы могут использовать органические соединения: углеводы, жиры, белки, парафины и более простые органические соединения. 2 Например, глубоководные железобактерии Acidithiobacillus ferrooxidans окисляют двухвалентное железо до трёхвалентного и живут за счёт полученной энергии. 5