Для функционирования вторичной белковой молекулы важны следующие характеристики:

• Прочность структуры. 4 Её обеспечивают водородные связи между пептидными группами. 24 Их присутствие в значительном количестве делает структуры типа α-спирали или β-складчатого слоя достаточно прочными. 2

• Наличие определённых участков. 1 В белках могут присутствовать как упорядоченные участки полипептидной цепи (α-спираль или β-структура), так и аморфные. 1

• Взаимодействие боковых радикалов. 1 В α-спирали боковые радикалы располагаются с наружной стороны спирали. 2 В β-структуре боковые цепи аминокислот располагаются перпендикулярно по отношению к плоскости остова цепи. 2

Большая часть белковых молекул способна сохранять свою биологическую активность, то есть выполнять свойственную им функцию, только в узком диапазоне температур и кислотности среды. 2