В классификации Берджи бактерии разделены на четыре отдела и 35 групп: 3

1. Gracilicutes — тонкостенные, грамотрицательные (1–16 группы). 3
2. Firmicutes — толстостенные, грамположительные (бактерии — 17–21 группы и актиномицеты — группы 22–29). 3
3. Tenericutes — лишены клеточной стенки (30-я группа). 3
4. Mendosicutes — архебактерии (стенки лишены пептидогликана, имеются особенности строения рибосом, мембраны и РНК) (31–35 группы). 3

Некоторые группы бактерий, выделенные в классификации Берджи:

• Группа 1 — спирохеты. 24 Включает свободноживущие и паразитические виды. 2
• Группа 2 — аэробные и микроаэрофильные подвижные извитые и изогнутые грамотрицательные бактерии. 24
• Группа 3 — неподвижные (редко подвижные) грамотрицательные бактерии. 24
• Группа 4 — грамотрицательные аэробные и микроаэрофильные палочки и кокки. 24
• Группа 5 — факультативно анаэробные грамотрицательные палочки. 2
• Группа 6 — грамотрицательные анаэробные прямые, изогнутые и спиральные бактерии. 2