В формировании чернозёмов участвуют различные виды бактерий и грибов, среди них:

Бактерии: способны разлагать почти все органические соединения. 1 В чернозёме выщелоченном преобладают неспоровые формы бактерий, среди которых — представители рода Pseudomonas. 1 Среди бацилл доминируют Bac. megaterium и Bac. mesentericus. 1

Грибы: обладают широким спектром ферментов, способны совершать многие процессы трансформации органического вещества, но, как правило, с меньшей скоростью, чем бактерии. 1 Грибы активнее бактерий разлагают ароматические соединения, под их воздействием происходит расщепление лигнина и танинов. 1 В чернозёмах встречаются представители родов Penicillium, Aspergillus, Trichoderma, много аспорогенных форм Alternaria, реже — Cladosporium. 1

Также в переработке органического вещества чернозёмов важную роль играют актиномицеты — широкий круг грамположительных бактерий, деятельность которых связана с процессами синтеза и разложения гумусовых веществ, балансом азота и продукцией антибиотических веществ. 3