Некоторые гипотезы происхождения прототакситов:

• Гипотеза Френсиса Хьюбера. 15 Прототакситы — гигантские грибы, которые росли на Земле ещё до появления деревьев. 5 Хьюбер предположил, что они имели развитый наземный мицелий и питались остатками растений. 12 Против этой гипотезы выдвинули возражения, в частности, указали на отсутствие в палеонтологических образцах характерных половых структур базидиомицетов. 2
• Гипотеза Линды Грэм и соавторов. 12 Прототакситы — тафономические артефакты, конусовидные «стволы» которых образовались в результате сворачивания под действием ветра и воды матов, содержащих мицелий грибов, цианобактерии и растения, подобные маршанциевым мхам. 12
• Гипотеза о гибриде водорослей и грибов. 3

Исследование 2025 года ставит под сомнение версию о том, что прототакситы были грибами. 1 Авторы исследования считают, что прототакситы представляли собой отдельную и ранее неизвестную полностью исчезнувшую эволюционную ветвь эукариот. 1

Учёные однозначно не могут отнести прототакситов к определённому типу и даже к определённому царству. 1