Существует четыре основных гипотезы о происхождении клеточного ядра: 1

1. Синтропная модель. 1 Ядро возникло в результате симбиотических взаимоотношений между археей и бактерией. 1 По этой гипотезе, древняя архея проникла в бактерию, где впоследствии редуцировалась до клеточного ядра эукариот. 3
2. Гипотеза вирусного эукариогенеза. 1 Окружённое мембраной ядро, как и другие эукариотические элементы, возникли вследствие инфекции прокариотической клетки вирусом. 1 По одной версии, ядро возникло при поглощении клеткой большого ДНК-содержащего вируса. 1 По другой — эукариоты произошли от древних архей, инфицированных поксвирусами. 1
3. Экзомембранная гипотеза. 1 Ядро произошло от одиночной клетки, которая в процессе эволюции выработала вторую внешнюю клеточную мембрану. 1 Первичная клеточная мембрана после этого превратилась в ядерную, и в ней образовалась сложная система поровых структур (ядерных пор) для транспорта клеточных компонентов, синтезированных внутри ядра. 1
4. Гипотеза отделения компартмента внутри одной клетки. 5
5. Эндоспоровый путь: ядро — эндоспора, цитоплазма — другая клетка того же вида. 5
6. «Inside-out»: ядро — исходная клетка, цитоплазма произошла от слияния её выростов. 5
7. Симбиогенетический путь: ядро и цитоплазма — симбионт и хозяин. 5

Ни одна из этих гипотез не получила широкой поддержки. 1